.jpg)
Οι νέες μολύνσεις SARS-CoV-2 στην Αγγλία προκαλούνται όλο και περισσότερο από την παραλλαγή δέλτα. Παρόλο που το ποσοστό των περιπτώσεων που προκλήθηκαν από την παραλλαγή δέλτα ήταν 20% συνολικά κατά τη διάρκεια της περιόδου μελέτης, αυτό αυξήθηκε στο 74% των νέων αλληλουχιζόμενων περιπτώσεων την εβδομάδα που ξεκινά στις 31 Μαΐου 2021.
Από όσο γνωρίζουμε, αυτή η μελέτη παρέχει το μεγαλύτερο σύνολο δεδομένων αλληλουχίας ολόκληρου του γονιδιώματος για τον SARS-CoV-2 σε μια χώρα υψηλού εισοδήματος μέχρι σήμερα, επιτρέποντας την εκτίμηση του κινδύνου νοσηλείας για την παραλλαγή δέλτα σε σύγκριση με την παραλλαγή άλφα χρησιμοποιώντας συνδεδεμένα διοικητικά δεδομένα. Τα αποτελέσματα υποδηλώνουν ότι οι ασθενείς με την παραλλαγή δέλτα είχαν περισσότερο από δύο φορές τον κίνδυνο εισαγωγής σε νοσοκομείο σε σύγκριση με τους ασθενείς με την παραλλαγή άλφα. Η παρακολούθηση της επείγουσας περίθαλψης σε συνδυασμό με την εισαγωγή στο νοσοκομείο ήταν επίσης υψηλότερη για τους ασθενείς με την παραλλαγή δέλτα, παρουσιάζοντας αυξημένη χρήση υπηρεσιών περίθαλψης έκτακτης ανάγκης καθώς και νοσηλεία σε νοσοκομείο. Παρόμοια αποτελέσματα παρατηρήθηκαν για την υποομάδα μη εμβολιασμένων ασθενών όταν συγκρίθηκαν οι κίνδυνοι και των δύο αποτελεσμάτων νοσηλείας μεταξύ των δύο παραλλαγών.Στην υποομάδα ασθενών που είχαν λάβει τουλάχιστον μία δόση εμβολίου (≥21 ημέρες από την πρώτη τους δόση), η ακρίβεια ήταν πολύ χαμηλή για να προσδιοριστεί εάν οι κίνδυνοι των αποτελεσμάτων ήταν υψηλότεροι ή παρόμοιοι για ασθενείς με την παραλλαγή δέλτα σε σύγκριση με ασθενείς με η παραλλαγή άλφα. Έχει αναφερθεί προηγουμένως ότι ο εμβολιασμός οδηγεί σε παρόμοια σχετική μείωση του κινδύνου νοσηλείας σε ασθενείς με την παραλλαγή δέλτα ή την παραλλαγή άλφα.
Αυτό είναι σύμφωνο με τα ευρήματα της παρούσας μελέτης: συνολικά, ο αριθμός των επισκέψεων στο νοσοκομείο ήταν χαμηλός στην εμβολιασμένη υποομάδα με αποτέλεσμα εκτιμήσεις σχετικού κινδύνου χαμηλής ακρίβειας.
Αυτή η ανάλυση ενισχύεται με τη χρήση εθνικών, έγκαιρων συνόλων δεδομένων για περιπτώσεις COVID-19, επεισοδίων νοσοκομειακής περίθαλψης και εμβολιασμών. Τα δεδομένα σε ατομικό επίπεδο περιελάμβαναν όλα τα εργαστηριακά επιβεβαιωμένα κρούσματα COVID-19, έως και το 98% της νοσοκομειακής δραστηριότητας και όλα τα εμβολιασμένα άτομα που είχαν εγγραφεί σε γενικό ιατρό στην Αγγλίαμε αυτά τα δεδομένα να ενημερώνονται καθημερινά. Η κάλυψη αλληλουχίας ολόκληρου του γονιδιώματος στην Αγγλία αυξήθηκε καθ 'όλη τη διάρκεια της μελέτης: για νέα θετικά τεστ μεταξύ 23 Απριλίου και 24 Μαΐου 2021, περισσότερο από 60% προσδιορίστηκε επιτυχώς.
Σε σύγκριση με έναν συνδυασμένο σχεδιασμό μελέτης, η στρωματοποιημένη μέθοδος παλινδρόμησης Cox προσφέρει το πλεονέκτημα της χρήσης όλων των πιθανών αντιστοιχιών και όχι ενός σταθερού αριθμού ασθενών με την παραλλαγή άλφα ανά ασθενή με την παραλλαγή δέλτα. Λογαριασμοί σύγχυσης όπως η αλλαγή δημογραφικού προφίλ ασθενών με παραλλαγή ή τοπικές παρεμβάσεις με την πάροδο του χρόνου. Ωστόσο, αυτή η μέθοδος οδηγεί σε απώλεια ενημερωτικών παρατηρήσεων κατά τη διαστρωμάτωση από πολλές μεταβλητές, μειώνοντας την ακρίβεια σε σύγκριση με τις εκτιμήσεις που βασίζονται στην προσαρμογή μέσω μοντελοποίησης παλινδρόμησης.
Τα διοικητικά δεδομένα έχουν αρκετούς περιορισμούς σε αυτό το πλαίσιο. Πρώτον, τα δεδομένα εισαγωγής στο νοσοκομείο που λαμβάνονται μέσω SUS μπορεί να έχουν καθυστέρηση αναφοράς λόγω μηνιαίων περιόδων υποβολής, η οποία θα μπορούσε να οδηγήσει σε σύγχυση. Αυτή η καθυστέρηση και η πιθανή σύγχυση μετριάστηκαν με τη χρήση ταχύτερων δεδομένων ECDS για τον εντοπισμό εισαγωγών στο νοσοκομείο μέσω παρουσίασης σε επείγουσα περίθαλψη και διαστρωμάτωση κατά ημερολογιακό χρόνο. Η μετά την αξιολόγηση συγχύσεων διαπίστωσε ότι τα ανθρώπινα δυναμικά μεταβλήθηκαν περισσότερο με προσαρμογή για την ημερολογιακή εβδομάδα, υποδεικνύοντας ότι οι μη προσαρμοσμένες εκτιμήσεις πράγματι μπερδεύτηκαν από καθυστερήσεις εγγραφής ή άλλους παράγοντες που αφορούν την ημερολογιακή περίοδο. Επίσης, δεδομένης της προσαρμογής παλινδρόμησης σε συγκεκριμένη ημερολογιακή ημερομηνία, η υπολειπόμενη σύγχυση λόγω καθυστερήσεων καταχώρισης φαίνεται απίθανη και αναμένεται να επηρεάσει κυρίως τις πιο πρόσφατες περιπτώσεις δέλτα, προκαλώντας μια μικρή υποτίμηση των ΥΕ.Δεύτερον, υπήρχαν μη βέλτιστες πληροφορίες σχετικά με τον λόγο επίσκεψης στο νοσοκομείο, αποτρέποντας την οριστική κατανομή της παρουσίας ή της εισαγωγής στον COVID-19. Ωστόσο, ορισμένες σημαίες δεδομένων όπως η συμμετοχή που σχετίζεται με τραυματισμούς και οι κωδικοί ICD10 χρησιμοποιήθηκαν ως πληρεξούσιο για τον καθορισμό των αποτελεσμάτων στην κύρια ανάλυση. Παρ 'όλα αυτά, ενδέχεται να έχουν συμπεριληφθεί επισκέψεις που δεν σχετίζονται με τον COVID-19, με αποτέλεσμα μια μικρή υποτίμηση των ανθρώπινων πόρων, επειδή αυτή η λανθασμένη ταξινόμηση δεν αναμένεται να διαφέρει κατά παραλλαγή. Ένα πλεονέκτημα της εξέτασης εναλλακτικών αποτελεσμάτων είναι ότι έχουν αξιολογηθεί διαφορετικές κατηγορίες νοσοκομειακής χρήσης, οι οποίες θα μπορούσαν να υποδεικνύουν επίπεδα σοβαρότητας της νόσου. Αυτές οι αναλύσεις ευαισθησίας έδειξαν κάποια διακύμανση στους ΥΕ αλλά οι εκτιμώμενοι κίνδυνοι ήταν σταθερά υψηλότεροι για τους ασθενείς με την παραλλαγή δέλτα παρά με την παραλλαγή άλφα. Τέλος, δεν υπήρχαν διαθέσιμα δεδομένα για συννοσηρότητες,τα οποία είναι γνωστό ότι συμβάλλουν στον κίνδυνο νοσηλείας.
Αυτή η μελέτη αντ 'αυτού έμμεσα έλαβε υπόψη τις συννοσηρότητες χρησιμοποιώντας συναφείς μεταβλητές, συμπεριλαμβανομένης της ηλικίας, του φύλου, της εθνικότητας και της στέρησης.
Η σύνδεση δεν ήταν δυνατή για όλες τις περιπτώσεις με αλληλουχία λόγω έλλειψης αριθμών NHS. 5634 (11 · 3%) από 49 930 περιπτώσεις με αλληλουχία κατά την περίοδο της μελέτης αποκλείστηκαν για αυτόν τον λόγο. Οι διεθνείς ταξιδιώτες και οι μειονοτικές εθνοτικές ομάδες υπερεκπροσωπήθηκαν μεταξύ των ασθενών με ελλείποντα αριθμούς NHS. Αυτές οι ομάδες υπερεκπροσωπήθηκαν επίσης στην ομάδα παραλλαγής δέλτα σε σύγκριση με την ομάδα παραλλαγής άλφα. Παρόλο που δεν υπάρχουν δεδομένα που να υποδηλώνουν ότι ο κίνδυνος παρακολούθησης ή εισαγωγής στο νοσοκομείο θα διέφερε συστηματικά για τα άτομα που εξαιρούνται σε σύγκριση με τους συνομηλίκους τους, αυτό δεν μπορεί να αποκλειστεί.
Ο κίνδυνος χρήσης και εισαγωγής στο νοσοκομείο μπορεί να επηρεαστεί από ετερογενή συμπεριφορά και μετάδοση της αναζήτησης υγειονομικής περίθαλψης σε διάφορες παραλλαγές, εθνοτικές ομάδες και ιδιαίτερα με την πάροδο του χρόνου και της περιοχής. Ενδέχεται να επήλθαν αλλαγές με την πάροδο του χρόνου στην πολιτική εισαγωγής στο νοσοκομείο-π.χ. λόγω τοπικού νοσοκομειακού φόρτου ή αυξημένης χρήσης παρακολούθησης παλμών οξύμετρου στο σπίτι.
Τέτοιες αλλαγές ενδέχεται να είχαν ως αποτέλεσμα τη μείωση του χρόνου διαμονής, με μικρότερες διαμονές να επηρεάζονται λιγότερο από την καθυστέρηση των τελευταίων εβδομάδων. Ωστόσο, η διαστρωμάτωση για την ημερολογιακή εβδομάδα και την περιοχή κατοικίας θα πρέπει να λαμβάνει υπόψη αυτές τις διαφορές.
Οι προϋποθέσεις για την επιλογή αλληλουχίας ολόκληρου του γονιδιώματος και την επιτυχή αλληλουχία ενδέχεται να περιορίσουν τη γενίκευση των ευρημάτων της μελέτης. Τα δείγματα που είναι θετικά με PCR πιθανότατα θα αλληλουχηθούν επιτυχώς εάν έχουν μια αρκετά χαμηλή τιμή κατωφλίου κύκλου (<30), η οποία μπορεί να είναι πιο πιθανή σε ασθενείς με υψηλό ιικό φορτίο. Επιπλέον, κατά τη σύγκριση δειγμάτων με αλληλουχία και μη αλληλουχίας στην περίοδο της μελέτης, υπήρξε υπερεκπροσώπηση σε δειγματοληπτικά δείγματα από ασθενείς σε νεότερες ηλικιακές ομάδες και από περιοχές στη βόρεια Αγγλία. Αυτό είναι πιθανό να οφείλεται σε γεωγραφικές αυξήσεις της αλληλουχίας για την κατανόηση των αρχικών εστιών της παραλλαγής δέλτα. Υπήρχε επίσης υψηλότερο ποσοστό του πυλώνα 2 (δηλ.δείγματα που βασίζονται σε κοινότητα) που προσδιορίστηκαν με σειρά σε σύγκριση με δείγματα που ελήφθησαν μέσω του πυλώνα 1 (δημόσια υγεία και νοσοκομειακές δοκιμές και συστηματικός έλεγχος).
Παρά το ενδεχόμενο να έχει προσδιοριστεί αλληλουχία υψηλότερου ποσοστού δειγμάτων παραλλαγής λόγω αυξημένης περιφερειακής κάλυψης, η ελαφρώς υψηλότερη διαπίστωση δεν είναι πιθανό να έχει μειώσει σημαντικά την ανίχνευση της άλφα παραλλαγής επειδή το άλφα ήταν η πιο διαδεδομένη παραλλαγή όλο τον Μάρτιο και τον Απρίλιο του 2021. Οι ίδιες μετρήσεις ποιότητας ακολουθίας εφαρμόστηκαν επίσης σε όλα τα δείγματα και η δειγματοληψία σε επίπεδο περιοχής θα περιλάμβανε ένα μείγμα ατόμων με την άλφα παραλλαγή και ατόμων με την παραλλαγή δέλτα. Δεν υπήρχε αναμενόμενη ιεράρχηση δείγματος κατά παραλλαγή με βάση την κλινική κατάσταση, ιδιαίτερα καθώς τα περισσότερα δείγματα αλληλουχίας προέρχονταν από κοινοτικές δοκιμές.
Κατά τη διάρκεια της περιόδου μελέτης, η συχνότητα εμφάνισης της παραλλαγής δέλτα στην Αγγλία αυξανόταν, και έτσι άτομα με μικρότερο χρόνο από τη μόλυνση στο θετικό τεστ (δηλαδή πιο πρόσφατες λοιμώξεις) ενδέχεται να υπερεκπροσωπούνται μεταξύ εκείνων που βρέθηκαν θετικοί. Αντίθετα, η συχνότητα εμφάνισης της άλφα παραλλαγής μειώθηκε κατά τη διάρκεια της περιόδου μελέτης, και έτσι τα άτομα με μεγαλύτερο χρονικό διάστημα για θετικό τεστ (δηλαδή λιγότερο πρόσφατες λοιμώξεις) είναι πιθανό να υπερεκπροσωπούνται.
Ο χρόνος από τη μόλυνση έως το θετικό τεστ μεταξύ των ασθενών σε αυτή τη μελέτη μπορεί να εξαρτάται από τα συμπτώματα που προκαλούν κάποιον να υποβληθεί σε εξέταση, επειδή ο περισσότερος πληθυσμός της μελέτης είχε εξετάσεις κοινότητας (πυλώνα 2) και όχι δοκιμές ρουτίνας στο νοσοκομείο ή για έλεγχο (πυλώνας 1) Το Τα άτομα που δοκιμάζουν γρήγορα μπορεί να είναι πιο πιθανό να έχουν νωρίτερα ή περισσότερα συμπτώματα από τα άτομα που δοκιμάζουν λιγότερο γρήγορα, υποδηλώνοντας ότι η εξέλιξη της νόσου τους μπορεί να ήταν ταχύτερη και πιο σοβαρή. Αυτή η διαφορική επιλογή ασθενών με δυνητικά πιο σοβαρά συμπτώματα από την παραλλαγή δέλτα και ασθενών με λιγότερο σοβαρά συμπτώματα από την παραλλαγή άλφα μπορεί να οδηγήσει σε υπερεκτίμηση των ΥΕ. Ωστόσο, αυτή η προκατάληψη μπορεί να μετριαστεί από τη συνολική προτιμησιακή επιλογή ασθενών με χαμηλές τιμές κατωφλίου κύκλου (υψηλότερο ιικό φορτίο),που μπορεί να επηρεάσουν παρόμοια τις ομάδες παραλλαγών άλφα και δέλτα. Επιπλέον, οι εκτιμώμενοι ΥΕ ήταν παρόμοιοι για τους ασθενείς που ήταν ασυμπτωματικοί κατά τη λήψη του δείγματος, για τους οποίους ο χρόνος από τη μόλυνση έως τη δοκιμή είναι απίθανο να αντικατοπτρίζει διαφορές στη συμπεριφορά αναζήτησης δοκιμών. Για να αντιμετωπιστεί αυτή η προκατάληψη, η επίπτωση θα πρέπει να μοντελοποιηθεί από κοινού με σοβαρότητα.
Ο αντίκτυπος της παραλλαγής δέλτα στην Ινδία ήταν σημαντικός. Παράλληλα με την υψηλή συχνότητα μόλυνσης, οι μεγάλες πόλεις αντιμετώπισαν επίσης συντριπτικό φορτίο νοσοκομείων που οδήγησε σε έλλειψη προμηθειών και σωστικού εξοπλισμού.
Ωστόσο, έχει γίνει ελάχιστη έρευνα για να ποσοτικοποιηθεί ο κίνδυνος νοσηλείας για ασθενείς με αυτήν την παραλλαγή. Η μελέτη EAVE II είναι μια πρόσφατη, μεγάλης κλίμακας μελέτη που αναφέρει τον κίνδυνο εισαγωγής στο νοσοκομείο για ασθενείς με την παραλλαγή δέλτα στη Σκωτία.
Βάσει της καταγραφής των συνηθισμένων δεδομένων υγειονομικής περίθαλψης ρουτίνας, χρησιμοποίησε την ανίχνευση στόχου γονιδίου S μέσω διαγνωστικών δοκιμών ως διακομιστή μεσολάβησης για το δέλτα σε σύγκριση με το προφίλ άλφα που περιλαμβάνει αποτυχία στόχου γονιδίου S. Τα αποτελέσματά τους έδειξαν ένα προσαρμοσμένο ΥΕ εισαγωγής στο νοσοκομείο 1 · 85 (95% CI 1 · 39–2 · 47), το οποίο είναι σύμφωνο με το ΥΕ των 2 · 26 (1 · 32–3 · 89) που εκτιμήθηκε σε αυτή τη μελέτη.
Συμπληρωματικές αναλύσεις ευαισθησίας παρέχουν διασφάλιση σχετικά με την ευρωστία των αποτελεσμάτων. Ωστόσο, η μελλοντική εργασία θα πρέπει να περιλαμβάνει μετρήσεις που βασίζονται σε πλουσιότερα αλλά λιγότερο έγκαιρα δεδομένα για σοβαρά αποτελέσματα του COVID-19, όπως διάρκεια παραμονής στο νοσοκομείο, εισαγωγή σε εντατική θεραπεία ή δείκτες κρίσιμης ασθένειας. Απαιτείται επίσης περαιτέρω εργασία για τη μέτρηση του κινδύνου θνησιμότητας λόγω της παραλλαγής δέλτα, καθώς ένα μεγάλο ποσοστό της κοόρτης που περιλαμβάνεται σε αυτή τη μελέτη ήταν ακόμη εντός της περιόδου παρακολούθησης 28 ημερών όταν έγινε η ανάλυση.
Από τη γνώση μας, αυτή η μελέτη είναι η μεγαλύτερη εκτίμηση του κινδύνου νοσηλείας για την παραλλαγή δέλτα χρησιμοποιώντας περιπτώσεις επιβεβαιωμένες με αλληλουχία ολόκληρου του γονιδιώματος, παρέχοντας σημαντικά θεμελιώδη στοιχεία αυξημένου κινδύνου σε σύγκριση με την παραλλαγή άλφα. Πριν από την εμφάνιση της παραλλαγής δέλτα, η βάση τεκμηρίων επικεντρώθηκε σε μεγάλο βαθμό στην παραλλαγή άλφα και την υψηλότερη μεταδοτικότητα και σοβαρότητα της σε σύγκριση με προηγούμενα στελέχη άγριου τύπου.Απαιτείται περαιτέρω έρευνα για να διευκρινιστεί εάν οι κίνδυνοι νοσηλείας διαφέρουν στα εμβολιασμένα άτομα που έχουν προσβληθεί από την παραλλαγή δέλτα σε σύγκριση με την παραλλαγή άλφα. Ωστόσο, μια προηγούμενη μελέτη είχε εκτιμήσει χαμηλούς κινδύνους νοσηλείας για εμβολιασμένα άτομα μετά από μόλυνση με οποιαδήποτε από τις δύο παραλλαγές.
Μαζί, αυτές οι δύο μελέτες υποδηλώνουν ότι οι εστίες της παραλλαγής δέλτα σε μη εμβολιασμένους πληθυσμούς μπορεί να οδηγήσουν σε υψηλότερη επιβάρυνση για την υγειονομική περίθαλψη, ιδιαίτερα σε σύγκριση με τα προηγούμενα διαδεδομένα στελέχη SARS-CoV-2. Τα ευρήματα είναι βασικά για τον προγραμματισμό πόρων και τις αποφάσεις πολιτικής για τον μετριασμό του αντίκτυπου της παραλλαγής δέλτα στο Ηνωμένο Βασίλειο, όπου κυριαρχεί η παραλλαγή δέλτα, και σε άλλες χώρες υψηλού εισοδήματος όπου μπορεί να συμβεί η ταχεία εξάπλωση της παραλλαγής δέλτα.
